МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯТом 23 1989 Вы

МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ
Том 23 1989 Вып. 6
УДК 577.112.6
©
СИНТЕЗ НЕЛИНЕЙНОГО ДНК-СВЯЗЫВАЮЩЕГО ПЕПТИДА,
ДЕТЕРМИНАНТЫ СПЕЦИФИЧНОСТИ СВЯЗЫВАНИЯ КОТОРОГО
БЛИЗКИ К ДЕТЕРМИНАНТАМ СПЕЦИФИЧНОСТИ 434 Сго-РЕПРЕССОРА
С.Л. ГРОХОВСКИЙ, А.Н. СУРОВАЯ, Н.Ю. СИДОРОВА, Г.В. ГУРСКИЙ
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта
Академии наук СССР, Москва, 117984
Описаны синтез и связывание с ДНК нелинейного пептида, состоящего из 102 амино-
кислотных остатков, Пептид содержит четыре ДНК-связывающих домена Сrо-реп-
рессора бактериофага 434, Они присоединены ковалентно к С-концевой кросслин-
керной группе, содержащей четыре гибкие цепи, каждая из которых оканчивается
алифатической аминогруппой. Спектры КД показывают, что аминокислотные остат-
ки пептида находятся в α, β и беспорядочной конформациях в водном растворе в
присутствии 20%-ного трифторэтанола, причем содержание α-спиральной конформации
составляет ~ 16% при комнатной температуре. Оно возрастает до 40% в присутствии
40%-ного трифторэтанола. При образовании комплекса между пептидом и ДНК на-
блюдаются конформационные изменения в молекулах пептида, которые соответству-
ют α-β-переходам в ДНК-связывающих двуспиральных мотивах 434 Сго-репрессора.
Вероятно, остатки, входящие в состав спиралей α2 и α3 двуспирального мотива, об-
разуют β-шпильку, которая встраивается в узкую бороздку ДНК, Последнее подтверж-
дается тем, что пептид вытесняет антибиотик дистамицин А, связывающийся в узкой
бороздке, из комплекса с поли (dA) • поли (dT). Анализ профилей расщепления
ДНКазами свободной ДНК и комплексов ДНК с пептидом позволяет сделать вывод
о том, что пептид избирательно защищает от расщепления фосфодиэфирные связи
в операторах, а также в псевдооператорах, узнаваемых 434 Сго-репрессором. Он об-
разует прочные комплексы с операторами ОRl, ОR2 и ОR3 и обладает наибольшим
сродством к псевдооператору ОR1. Анализ нуклеотидных последовательностей в ме-
стах преимущественного связывания пептида показывает, что он, подобно 434 Сго-реп-
рессору, взаимодействует с псевдосимметричными нуклеотидными последователь-
ностями 5'-АСАА-3' и 5'-CTGT-3'. Эти последовательности могут быть разделены не
только шестью (как в ОR3), но и семью парами оснований, В самом сильном связы-
вающем месте для пептида на ДНК (Op l ) мотив 5'-АСАА-3' заменен последователь-
ностью 5'-АССА-З'. Различие в специфичности связывания пептида и Cro-белка, ве-
роятно, обусловлено гибкостью соединительных цепей между ДНК-связывающими
доменами в пептиде, а также заменой Thr->Ala в спирали а2. Удаление двух N-КОН-
цевых остатков спирали а2 в каждом из ДНК-связывающих доменов 434 Сго-белка
приводит к потере специфичности связывания, хотя модифицированный пептид свя-
зывается с ДНК неспецифически.
В предыдущем сообщении [1] описан синтез нелинейного пептида (рис. 1), содер-
жащего четыре идентичных последовательности, соответствующих мотиву α-спираль —
поворот — α-спираль в ДНК-связывающем домене Cro-белка бактериофага 434. Эти
последовательности присоединены ковалентно к С-концевой кросслинкерной группе
так, что две пары ДНК-связывающих доменов 434 Cro-белка могут взаимодейство-
вать с двумя половинами симметричного оператора, состоящего из 14 пар оснований.
Длину соединительных цепей между доменами выбирали из такого расчета, чтобы
она могла распространяться на шесть пар оснований, расстояние, которым, вероятно,
разделены двуспиральные мотивы в двух субъединицах Cro-белка в комплексе с
оператором. Разветвления в полимерной цепи вводили за счет присоединения пепти-
дов к α- и е-аминогруппам двух остатков лизина в С-концевой кросслинкерной
группе.
1558
Рис, 1. Аминокислотная последовательность
остатков 19-38 полипептидной цепи Cro-бел-
ка бактериофага 434 (а) и формулы пеп-
тидов I и II (б, в). Подчеркнуты амино-
кислотные остатки, входящие в состав спи-
ралей α2 и α3 в двуспиральном мотиве
Crо-белка бактериофага 434, Используется
однобуквенный код для аминокислотных ос-
татков. X = -NH(СН2)5СО-

결과 (한국어) 1:

분자 생물학23 1989 문제입니다. 6UDC 577.112.6©비 선형 DNA 바인딩 펩 티 드의 종합바인딩 특이성의 결정 요인434 Cdf 진압의 특이성의 결정 요인에S.L. GROHOVSKIY, A. 스 탁, N. SIDOROVA, G. 거 스키분자 생물학 연구소입니다. W.a. Engelhardt소련, 모스크바, 117984의 과학 아카데미합성 및 비 선형 펩 티 드의 dna 바인딩, 102 아미노산의 구성에 대해 설명 합니다.산 성 잔류물 펩 티 드 포함 Sro 랩의 4 개의 DNA 바인딩 도메인봄 살 균 소 434, 그들은에 연결 된 covalently c 터미널 krosslin-각각의 끝나는 4 유연한 회로 포함 하는 kernoj 그룹지방 족 아미노산입니다. CD 스펙트럼 표시 모드-아미노산펩 티 드 기는 α, β, 및 무작위 konformaciâh에서 수성 해결책에서20% s triftorètanola, 알파 나선형 구조 존재~ 실 온에서 16%. 그것의 존재에서 40%로 상승40% s triftorètanola입니다. Immunophilins 및 DNA 사이 복잡 한 형성에blûdaûtsâ 관련 된 펩 티 드 분자의 구조적 변화LY α-β-전환 DNA 바인딩 dvuspiral′nyh 434 Cdf 진압 주제에.나선 α2 및 α3 dvuspiral′nogo 동기,-아마 남아좁은 홈의 DNA, 대부분 증명에 포함 된 razuût β-헤어핀펩 티 드 항생제 distamicin 및에 좁은 연결 전치 주어일류 폴 리 (다) • 폴 리 (dT)를 가진 복합물에서. 분열의 프로 파일 분석DNKazami 무료 DNA와 DNA 복합물 immunophilins와 제안그 펩 티 드를 선택적으로 fosfodièfirnye 연결 분할에 대 한 보호사업자, 뿐만 아니라 psevdooperatorah, 인식할 수 있는 434 Cdf 레 귤 레이 터. 그는-ORl, OR2 OR3 razuet 강한 단지 위대한 있다psevdooperatoru OR1 선호도입니다. Me에서 시퀀스 뉴클레오티드의 분석-백 우선 바인딩 펩 티 드의 CDF 담당자 434 처럼 그가 보여준봄, 뉴클레오티드 마커 추종자-psevdosimmetričnymi 상호 작용5 매료 '-3 '-ASAA, 5 '-CTGT-3'. 이 순서 없이 분리 될 수 있다하지만 강한 링크-7 쌍 (OR3)로 65의 DNA (Op l) 모티브에 펩 티 드에 대 한 처리 사이트 '-3 '-ASAA 대체 추종자-5 '-ACCA-w' 서. 펩 티 드 및 단백질, Cro의 바인딩 특이성의 차이-ve-roâtno, DNA 바인딩 사이 회로 연결의 유연성으로 인해도메인은 Thr의 교체로 펩 티 드, Ala 나선형 A2->. 두 개의 N 제거-콘-cevyh A2 나선 DNA 묶는 영역의 각 434 Cdf 단백질 균형바인딩, 비록 수정 된 펩 티 드 커넥터-특이성의 손실에 결과DNA (nonspecifically) 제공.포함 된 이전 게시물 [1] 비 선형 펩 티 드 종합 (그림 1)에서α-나선 모티브의 좋은 4 개의 동일한 시퀀스턴 α 나선 DNA 묶는 단백질-살 균 소 434 Cro의 도메인. 이러한covalently c 터미널 krosslinkernoj 그룹에 연결 된 시퀀스그래서 그 단백질의 DNA 묶는 영역의 두 쌍, Cro 434 공동 수 있습니다-14의 기본적인 쌍의 구성 된 대칭 연산자의 두 반쪽.이 계산에서 선택한 도메인 간에 회로 연결의 길이그것은 6 개의 쌍을 확장할 수 있습니다 거리는 아마두와 복잡 한 sub″edinicah 크로마 뇽 인 단백질에에서 나누어 dvuspiral′nye 동기연산자입니다. 준수 pepti-에 의해 부과 된 고분자 사슬에 분기Α-아민 그룹 및 c 맨끝 리 krosslinkernoj 2 잔류물 Dov그룹입니다.1558쌀, 1입니다. 아미노산 서 열19-38 잔류물 polypeptide 사슬-Cro-벨(A) 월의 살 카 434 균 소 및 응원 공식tidov I와 II (b의 c). 아미노 밑줄SPI의 잔류물롤리 α2 및 α3 dvuspiral′nom 동기에크로마 뇽 인-434 살 균 소 단백질 사용아미노산 OS-한 문자 코드laitance입니다. X = NH (Ch2) 5SO-

결과 (한국어) 3:

분자 생물학
Vol. 1989 23 완료되었습니다. 6 받은

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합성 нелинейного 577.112.6 DNA-시크리테아제 바인딩를 입력하며, 특이도 결정에

닫기 434cdf- репрессора
C. l 통치자는 특수성과 관련이 있습니다. гроховский뿐만 아니라 H.거칠고 N. Yu. 시도로프씨, .. гурский
분자 생물학.뿐만 아니라 연구소. Thunderbird
소련 과학 아카데미, 모스크바, 117984
합성 DNA시크리테아제의 활동에 대해 설명하고와 연결시키는 선형이 아닌 입력, 102 아미노산] heptanoic ACID-
잔류물로 구성된 것입니다.말라리아 434 우리 승무원-
봄 매개 변수 네 DNA 바인딩 도메인 сrо-가 포함되어 있는 연결되어 있는 제한 사망 네 개의 유연한 회로,
가 종료되는-
кернои кросслин 그룹алифатическои аминогруппои. 지금까지 주로 참가자-시크리테아제
기준 들어가 MOD 향하게 된 것을 나타냅니다 CD Spectra α, β 및 무질서를 конформациях
20%의 프레즌스 솔루션의 물- 산업 трифторэтанола,intramolecular α는 나선형의 내용과의 상호 작용
~ 16% 실내 온도에 있습니다. 40%로 40%
의 존재하에서- 산업 증가하 трифторэтанола. пептидом 사이의 설정 및-
에 DNA의 교육блюдаются конформационные시크리테아제 분자, 불필요한
s αβ- 전환의 DNA 바인딩 이중 필라멘트 동기 434cdf- репрессора 하는 변경 사항을 입력합니다.
아마도 잔류물α2" 나선형의 구성 및 α3 двуспирального 동기,
разуютβ- 스터드, DNA에 있는 좁은 홈에 내장되어 있고에 포함되어 있는 마지막
말라리아 дистамицин 항생제뿐만 아니라 앞서 언급했다시피 사망 원인이 되는 것좁은
유닛 옷걸이에 MCH(da) - Poly는 폴리의 집합에서(dt).
днказами 무료 DNA와 DNA 복합체와 분배 пептидом 분석 프로파일은 철수
그것을 벌 수 있으며,죽이는 선택적으로 말라리아 фосфодиэфирные 연결
분할에 대한 상담원은 물론 псевдооператорах하고 인식할 수 있 434cdf- репрессором 보호합니다. 그는 강력한 단지
разует 상담원과 оrl,2 또는3 또는 및 псевдооператору ОR1하는 최고
vedersela. MU-
듯 , 뉴클레오티드의 시퀀스 분석은 주로시크리테아제 쇼 그는 들어갈 것이다 연결, 434cdf-승무원=
봄처럼,상호 작용" псевдосимметричными нуклеотидными 설교자-
필수품 5" -АСАА-3with 및 5" '-CTGT-3. ( 또는 )3,도 쌍으로 가족들은 매우 강력한 implemen-

아닙니다에서는 이러한 시퀀스만 여섯 나눌 수 있시크리테아제 아시아 일곱 곳에 식품가공 부문'(op L) 동기(' 목사=
5 완전히"-assa-w로 교체- асаа '-35 DNA 들어갑니다. 특수성의 차이시크리테아제 들어가게 되며 crо- 단백질, EE-
소득 감소에 엇갈린 관계,DNA 바인딩 도메인 사이의 유연성 트렁크 연결로 인해
пептиде은 물론, 교체 액체- >a2 나선형의 La. 두 개의 N-con-
цевых 잔액 나선형 DNA 바인딩 각 도메인 in2는 434cdf- 단백질 제거
특수성을 손실을 초래와 관련, 수정된 상태의 죽이지만-
DNA неспецифически 인정받았습니다. (1) 이전 메시지에서
합성시크리테아제a(비 선형그림 들어가게 됩니다 설명되어 있습니다. )1, 포함된
네 동일한 시퀀스 총리, DNA 바인딩 도메인 crо 단백질 매개 변수의 늦더위 α-나선 회전 -
- α- Helix 434. 이러한
순서대로 연결되어 있고,
кросслинкернои 그룹은 C- 끝에 두 부부 DNA 바인딩 도메인 434 crо 단백질-
시작 두 반쪽 대칭 조작과 상호 작용할 수 있도록 하.14 쌍 베이스로 구성된.
길이 트렁크 회로 사이의 도메인 선택에서 이 같은 계산,
이 분산되어 있는 여섯 쌍의 거리는, 아마도,
나뉘어 двуспиральные 동기 면에서 두 개의 субъединицах crо- 단백질에 펼쳐지는가 있는 복합 상담원. 권력승계 пепти-
이 부과하는 폴리머 체인에서 분기C- 끝 кросслинкернои
그룹에 있는 상대자 α- 및 e- аминогруппам 잔류물 두 라이신.
"
1558 무화과나무 1. аминокислотная 시퀀스
잔류물 19-38 полипептиднои 회로 crо-bel-
(a) 434 Ka 매개 변수와 수식 peps(b,b)
тидов I 및 II.- 아미노산] heptanoic ACID 잔류물
, fmip=
웨일즈 Aberystwyth α2 및 α3 구성에서 двуспиральном 434 nonsingular
crо 단백질 매개 변수에 포함되어 밑줄이 그어진, 아미노산에 사용되
OpenBSD 코드
татков OS. X = -(2CH) NH 5CO-